Yhteystiedot
Jenni Harmoinen
Koiran ja suden risteymien tunnistamiseen on kehitetty uusi menetelmä – osoitti vanhan DNA-analyysimenetelmän puutteen
Päivitetty 9.6.2022
Oulun yliopiston johtamassa kansainvälisessä hankkeessa on kehitetty menetelmä, jolla voidaan tunnistaa aikaisempaa tarkemmin koiran ja suden risteymät. Kehitystyö toi esiin kaksi suden ja koiran risteymää, jotka vanhalla menetelmällä oli määritelty susiksi.
Aikaisemman tutkimustiedon perusteella aiemmin käytetty analyysimenetelmä tunnistaa koirasudet susista ensimmäisessä ja toisessa polvessa. Mitä useamman polven takaisinristeymästä puhutaan, sitä epävarmemmaksi muuttuu lajin tunnistaminen vanhalla menetelmällä. Nyt tehdyn uuden koirasusipaneelin tulos osoittaa, että myös toisen polven risteymien tunnistamisessa voi esiintyä haasteita, jos käytetään pelkästään mikrosatelliittianalyysiä.
”Kehitystyöhön lähdettiin, koska risteymien tunnistamista varten haluttiin kehittää menetelmä, jota voidaan käyttää koko Euroopan laajuisesti. Vanhaan menetelmään verrattuna uusi menetelmä on nopeampi, kustannustehokkaampi ja eri laboratorioissa tehdyt analyysit ovat keskenään vertailukelpoisia. Vanhalla menetelmällä eri laboratorioissa saatuja risteymäanalyysien tuloksia ei voi vertailla suoraan keskenään”, kertoo tutkimuksessa mukana ollut Oulun yliopiston väitöskirjatutkija, maaliskuusta alkaen Lukessa työskennellyt, Jenni Harmoinen.
Luonnonvarakeskus (Luke) lähetti Oulun yliopiston tutkimukseen DNA-näytteitä tunnetuista koirasusista. Lisäksi tutkimuksessa oli mukana DNA-näytteet kahdesta eläimestä, jotka oli aiemmassa Turun yliopiston analyysissä määritelty susiksi, mutta joiden DNA-tulos poikkesi keskimääräisestä sudesta. Näytteet haluttiin ottaa uudelleen tarkasteluun koirasusien tarkempaan tunnistamiseen kehitetyllä menetelmällä.
Poikkeuksellisten DNA-tulosten takaa paljastui kaksi koirasutta. Auton alle Tohmajärvellä joulukuussa 2015 jäänyt yksilö oli kolmannen polven takaisinristeymä suteen. Kannanhoidollisella luvalla Pyhäjoella tammikuussa 2016 ammuttu yksilö oli toisen polven takaisinristeymä suteen. Ensin mainittu yksilö oli 4-vuotias uros ja jälkimmäinen 2-vuotias naaras.
Koirasusi on luokiteltu Suomessa haitalliseksi vieraslajiksi. Luke tulee käymään vanhan mikrosatelliittiaineiston huolellisesti läpi.
Uusi koirasusipaneeli erottaa koiran ja suden risteymät mikrosatelliittimenetelmää tarkemmin
Susien ja koirien perimän erot ovat pieniä, koska sudet ja koirat ovat geneettisesti eriytyneet toisistaan suhteellisen vähän aikaa sitten. Uusi koirasusipaneeli on kehitetty korostamaan susien ja koirien välisiä geneettisiä eroja. Koirasusipaneelia käytetään SNP-analyysissä.
Luonnonvarakeskuksen vuosittaiseen suden DNA-näytteiden lajimääritykseen on tähän saakka käytetty mikrosatelliittimarkkereita. Analyysit on tehty Turun yliopiston Evoluutiobiologian sovelluskeskuksessa. Tuore tutkimustulos osoittaa, että käytetty mikrosatelliittianalyysi erottaa koirasudet huonommin kuin koirasusipaneeli.
Luke käy läpi vanhat DNA-näytteet ja kehittää suden kannanarvioinnissa käytettävää DNA-analyysiä
”Kehitystyö on tervetullutta”, kertoo Luken tutkimusprofessori Ilpo Kojola. ”Tieteelle on ominaista, että menetelmien kehittyessä tieto muuttuu ja täsmentyy. Koirasusipaneelin avulla kehitämme suden kannanseurantaan liittyvää risteymien tunnistamista.”
Oulun yliopiston tutkimus tehtiin Saksassa olevalla laitteella, mutta samanlainen laite on vastikään hankittu maa- ja metsätalousministeriön tuella Lukeen. Luke tulee ottamaan menetelmän osaksi susikannan arviointia vuodesta 2022. Koirasusipaneeli tulee tulevaisuudessa olemaan Lukessa rutiinikäytössä.
Vanhemmista, vuosien 2016—2021 aikana kerätyistä, näytteistä otetaan koirasusipaneeliin analysoitavaksi ne sudet, jotka voivat olla vielä elossa. Kuolleista yksilöistä ja tätä vanhemmista näytteistä analysoidaan uudelleen ne yksilöt, jotka voivat olla elossa olevien susiyksilöiden vanhempia.
Tuore SNP-tutkimus pähkinänkuoressa
- Oulun yliopiston johtama kansainvälinen tutkimus, jonka tavoitteena oli kehittää DNA-menetelmä erottamaan entistä tarkemmin suden ja koiran risteymät.
- Koirasusipaneeli tarkoittaa risteymien tunnistamiseen valittuja 93 SNP-markkeria.
- Tutkimustulos on hyväksytty ja vertaisarvioitu, mutta artikkelia ei ole vielä julkaistu.
- Tutkimuksessa analysoitiin yhteensä 288 sutta Euroopan laajuisesti (näytteitä Suomesta 61 kpl, Venäjältä 4 kpl, Romaniasta 21 kpl, Saksasta 107 kpl, Italiasta 70 kpl ja Iberian niemimaalta 25 kpl).
- Suomesta toimitettiin näytteitä muun muassa metsästetyistä susista, museosusista ja tunnetuista koirasusista.
- Koira-aineistona tutkimuksessa käytettiin 314 koiran DNA-näytettä 55 eri rodusta.
- Risteymiksi epäiltyjä näytteitä oli koko tutkimuksessa yhteensä 12 kappaletta (3 kpl Saksasta, 1 kpl Romaniasta, 1 kpl Tšekistä ja 7 kpl Suomesta).
