BLUP Paja projektissa kehitetään geneettisessä valintajalostuksessa tarvittavia ohjelmistoja suurille aineistoille. Hankkeessa on kehitetty erityisesti MiX99 ohjelmistoa, johon lisätään uusia tilastollisia malleja sekä eläin- että kasvinjalostukseen. Tärkeätä on laskennallinen tehokkuus, johon päästään mm. rinnakkaislaskennan avulla. MiX99 ohjelmistoa käytetään maailmanlaajuistesti.