Metsäpuiden geenivaratyön tavoitteena on turvata puulajiemme geneettistä monimuotoisuutta ja evolutiivisen potentiaalin säilyminen. Suojelun päämenetelmät ovat geenireservimetsät ja geenivarakokoelmat. Metsäpuiden geenivaratyö huolehtii osaltaan kansainvälisistä velvoitteista, joihin Suomi on sitoutunut mm. CBD:n ja Forest Europe -prosessin kautta. Metsägeneettinen rekisteri on osa geenivarojen suojelua ja kestävää käyttöä sekä palvelee metsänjalostusta ja tutkimusta.