Skogsträdens biologiska mångfald tar sig uttryck i trädens utseende, tillväxt och andra egenskaper. Variationen är dels genetiskt betingad, dels en följd av miljöfaktorer. Den genetiska variationen orsakas av skillnader i trädens dna-molekyler, som uppkommer genom mutationer. En del av mutationerna påverkar trädens egenskaper, medan andra är neutrala och inte påverkar träden över huvud taget.
Dna:t hos alla individer av ett trädslag är till 99 procent identiskt, och det är förändringar i den sista procenten som åstadkommer hela den iakttagbara genetiska variationen mellan träden. I naturen kan till exempel två tallar som står nära varandra ändå skilja sig från varandra på miljoner olika ställen av sitt dna. Den här variationen är huvudelementet och förutsättningen för både skogsträdsförädling och naturligt urval.