Metsäpuiden monimuotoisuus näkyy eroina niiden ulkomuodossa, kasvussa ja muissa ominaisuuksissa. Eroja aiheuttavat sekä ympäristö että puiden perimä. Kaiken perinnöllisen monimuotoisuuden taustalla ovat erot puiden perimäaineksessa, DNA-molekyyleissä, joihin syntyy muutoksia mutaatioiden seurauksena. Osa näistä muutoksista näkyy puiden ominaisuuksissa, kun taas osa niistä on neutraaleja eivätkä vaikuta puihin mitenkään.
Vaikka tietyn puulajin yksilöiden DNA on 99-prosenttisesti samanlainen, muuntelu jäljelle jäävässä yhdessä prosentissa tuottaa kaikki havaittavat perinnölliset erot lajitovereiden välillä. Luonnossa esimerkiksi kaksi lähekkäistä mäntyä voivat siis erota toisistaan miljoonissa DNA:n eri kohdissa. Tämä muuntelu on sekä metsänjalostuksen että luonnonvalinnan pääraaka-aine ja edellytys.