Isosimppu on arvioitu puutteellisesti tunnetuksi Suomessa ja parissa muussa Itämeren rantavaltiossa. Havaintoja ja tietoa sen tilan parempaan arviointiin oli vuonna 2010 liian vähän. Ahvenanmaalta isosimppua saatiin kohtalaisesti koekalastuksissa 1990-luvulla. Saaristomereltä ja Suomenlahdelta on viime vuosilta vain joitakin havaintoja.
Hapettomat pohja-alueet Suomenlahdessa ja merenpohjan tilan huonontuminen muuallakin heikentävät isosimpun elinmahdollisuuksia. Sen poikaset ovat alttiita runsaasti lauhdevettä käyttävien laitosten vedenotolle. Hylkeet ja turska ovat isosimpun luontaisia saalistajia. Turskan edellisen runsaan esiintymisen aikana havaittiin simppujen vähenemistä, mikä yhdistettiin turskan saalistukseen.