Metsähakkeen raaka-aineena ovat ainespuun hakkuissa syntyvät sivuvirrat kuten latvus- ja oksamassat ja kannot sekä nuoren metsän kunnostuksessa ja harvennuksessa korjattava pienpuu.
Uudistushakkuualoille jäävästä latvusmassasta, kannoista ja ainespuuksi kelpaamattomista runkopuista osa korjataan talteen ja käytetään hyväksi energiantuotannossa. Uudistushakkuiden sivutuotteina syntyvien jakeiden saatavuus onkin riippuvaista metsäteollisuuden kotimaisen tukkipuun käytöstä, mutta myös metsänomistajien myyntihalukkuudesta.
Nuoren metsän kunnostuksessa ja ensiharvennuksessa puiden pienen koon vuoksi hakkuutuloja syntyy usein vain vähän, jolloin pienpuut saatetaan myydä energiapuuksi metsänhoidon kannattavuuden parantamiseksi. Pienpuun korjuu voidaan toteuttaa riippumatta metsäteollisuuden kotimaisen puun käytöstä. Pienpuut korjataan joko rankana eli ilman oksia tai kokopuuna oksien kanssa. Pieniä määriä metsähaketta saadaan myös tienvarsien ja tonttien raivauksista.
