Climate Genomics for Farm Animal Adaptation

ClimGen Climate Genomics for F

Alkamispäivä

01.01.2015

Päättymispäivä

31.03.2018

Tiivistelmä

ClimGen-hankkeessa (Ympäristögenomiikkaa kotieläinten sopetumista varten) yhdistetään aiempia ja käynnissäolevia eurooppalaisia ja kansallisia kotieläingenomiikan tutkimuksia, haetaan biomarkkereita ja kehitetään genomisia työkaluja kotieläinpopulaatioiden sopeutumiskyvyn tunnistamisessa ja jalostuksessa. Ilmastonmuutos vaikuttaa kotieläintuotannon harjoittamiseen ja genomiikka ja kotieläinjalostus tarjoavat yhden mahdollisuuden tuotannon sopeuttamiseksi muuttuviin olosuhteisiin. Biomarkkereilla tarkoitetaan tässä yhteydessä geneettisiä markkereita, kuten SNP-markkereita, jotka ilmentävät geneettisen variaation muutosta, joka voi johtua ympäristön muutoksesta. ClimGen-projektilla on kolme päätehtävää. Ensinnä kootaan olevassa oleva genomitieto eurooppalaisista nauta-, lammas- ja vuohipopulaatioista sekä tuotetaan uusi genomiaineisto puuttuvista Kaakkois-Euroopan lammasroduista. Toiseksi haetaan kolmen tapaustutkimuksen avulla lisää biomarkkereita. Näiden tapaustutkimusten aineisto koostuu transkriptomi- ja epigenomiaineistoista kontrolli- ja stressiolosuhteissa ja tutkittavat eläinpopulaatiot ovat lammas- ja vuohipopulaatioita hyvin erilaisissa ympäristöolosuhteissa (ympäristön lämpötila muuttuvana tekijänä), sikapopulaatio lämpöstressissä ja punapyy (Alectoris rufa) immuuni- ja lämpöstressissä. Kolmanneksi edelä kuvattua genomitietoa hyödynnetään simulaatiotutkimuksissa kotieläinten sopeutumiskyvyn jalostuksessa.

Tavoitteet, vaikuttavuus ja hyödyt

1) Hyödyntää olemassa olevia ja uusia kansainvälisiä kotieläinrotujen genomiaineistoja genomisten alueiden tunnistamiseksi, joilla on merkitystä sopeutumisessa ilmastollisiin muutoksiin, 2) tunnistaa biomarkkereita, joilla havaitaan olevan yhteyksiä kotieläinten sopeutumisen eri ympäristöllisiin muuttujiin ja 3) hyödyntää tätä uutta tietoa suunnitella kotieläinten tulevaisuuden jalostusohjelmia

Hanke muun muassa kehitti teoriaa jalostusohjelman rakentamiseksi, jonka avulla voidaan parantaa eläinrotujen toleranssia ilmastonmuutoksen aiheuttamiin vaikutuksiin, kuten tautien vastustuskykyyn. Genominen introgressio tuotantopopulaatiosta ympäristön haasteisiin sopeutuneeseen eläinpopulaatioon oli tehokkain jalostusstrategia, kun sopeutumisominaisuudelle annettiin suurempi painoarvo kokonaisjalostusarvon määräytymisessä kuin tuotanto-ominaisuudelle.